Ingénieur de Maturation en bioinformatique

Dans le cadre du renforcement de son effectif, Clermont Auvergne Innovation recrute un.e Ingénieur de Maturation en bioinformatique en CDD de 12 mois.

L’ingénieur de maturation aura pour mission de contribuer au développement d’un dispositif médical logiciel basé sur la caractérisation du microbiote et un modèle d’intelligence artificielle dans le but de prédire le risque d’accouchement prématuré chez des femmes enceintes afin d’améliorer leur prise en charge. Sa mission portera principalement sur l’analyse des résultats de séquençage du microbiote vaginal et l’évaluation des échantillons dans des modèles de prédiction préalablement établis. Il contribuera également à l’optimisation des modèles d’intelligence artificielle.

Le poste est en interaction quotidienne avec l’équipe projet Microbiote IA, rattachée au laboratoire Microbiologie Environnement Digestif Santé (MEDiS) UMR 454 INRAe/UCA. Il sera basé au sein de ce laboratoire (Clermont-Ferrand) sous l’encadrement opérationnel du responsable scientifique et rattaché hiérarchiquement au directeur des investissements de Clermont Auvergne Innovation.

Vos responsabilités :

• Assurer la coordination des prestations d’extraction d’ADN et de séquençage des échantillons issus d’une étude clinique, établir des devis pour le transport d’échantillons vers des prestataires de séquençage
• Analyser les résultats de séquençage du microbiote vaginal (analyses de diversité, reconstructions de génomes ainsi qu’annotations et caractérisations métaboliques) et consolider la base de données en ajoutant les données concernant les champignons et virus
• Evaluer les échantillons dans des modèles de prédiction disponibles
• Optimiser la performance des modèles de prédiction selon différents critères (AUC, précision, spécificité, sensibilité, comparaisons en s’appuyant sur des analyses statistiques, …)
• Tenir un cahier de laboratoire de manière rigoureuse et régulière pour assurer la traçabilité sur les tests réalisés (choix des données et des paramètres)
• Participer aux réunions de suivi du projet.
• Assurer la veille bibliographique sur les études cliniques en lien avec l’accouchement prématuré et sur les évolutions en intelligence artificielle et en méthodes concurrentes.

Vos compétences :

Compétences générales

• Biologie moléculaire et microbiologie (analyse des données de séquençage métagénomique)
• Bioinformatique (analyse métagénomique pour la caractérisation de microbiomes)
• Maîtrise des langages de programmation (Python, R, autre)
• Maîtrise des méthodes statistiques et computationnelles pour l’analyse comparative de données métagénomiques
• Compréhension de problématiques pluridisciplinaires (médicale, microbiologique, informatique)
• Esprit d’analyse et de résolution de problèmes : capacité à transformer des questions complexes en problèmes de science des données solubles et à trouver des solutions créatives.
• Communication : Aptitude à présenter des résultats complexes de manière claire et concise et à justifier les choix méthodologiques.
• Travail en équipe : capacité à collaborer efficacement au sein d’équipes pluridisciplinaires
• Rigueur, organisation et autonomie : souci du détail indispensable pour valider la robustesse des méthodes statistiques et assurer la fiabilité des diagnostics.
• Maîtrise de l’anglais
• Sens des responsabilités
• Respect de la confidentialité
• Respect des délais

Le profil :

• Titulaire d’un diplôme Bac+5 en sciences de la vie avec une spécialisation en bioinformatique (post doctorant ou ingénieur de recherche).
• Une expérience de 2 ans minimum en bioinformatique dans un domaine appliqué à la microbiologie.
• Intérêt pour l’innovation en santé, et en particulier le secteur de la santé numérique.
• Une expérience en recherche clinique ou analyse de données médicales serait un plus.
• Rigoureux(se), autonome, le/la candidat(e) devra s’intégrer et contribuer à l’animation de l’Equipe Projet.
• Intérêt pour participer à un projet de R&D avec potentiel de création d’une start-up.

Rémunération/avantages sociaux :

• Fourchette entre 27 k€ et 30 k€ bruts annuels, selon le profil
• Prime de précarité de 10%
• Ticket-restaurant : 9,5€ (part employeur 60%)
• Mutuelle/Prévoyance premium : prise en charge à 80% par l’employeur
• Rattaché à la Convention collective SYNTEC